nucleusにおいてデザインを変更する際、例えば画像を使いたい時、どこに画像を格納してそのイメージの格納フォルダとnucleusで生成されるページとの階層構造はどうなっているのか（どうやってリンクを指定すればいいのか）？ということを導入初期は理解できなかったりします。
というか僕はなりました。あまりこういったことに頭が回らないタイプのようです...。
結論としては
①保存先のフォルダはだいたいどこに作ってもよい。リンク切れしなければ（笑）
②nucleusで生成されるファイルはindex.php（最初のページ）が存在するフォルダからディレクトリをたどる。
ということでした。 cssや.incファイルなどの様々なファイルがindex.phpより深い階層に存在するためちょっとこんがらがってしまいましたが、生成されるページのアドレスを見ると
例：）
http://www.*************/blog/index.php ←トップページ
http://www.*************/blog/index.php?itemid=3 ←個別アイテムページ
http://www.*************/blog/index.php?blogid=1&archive=2007-06 ←月毎アーカイブ
のように、index.php以降ディレクトリを示す「 / 」がないじゃないですか！
ということに今更ながら気づく。
CMSツールを使用してのサイト制作が初めてのとき、いつもの感覚でトップページがあってその下に階層があり個別のページが存在する．．．という発想を捨てきれずちょっと戸惑いました。
もちろんもう少し複雑にサイトを構成していくと違いますが、基本的にはこのような感じでディレクトリ構造がなりたっていると思っていいと思います。
まあ、絶対パスで画像を指定すれば一番確実なんですけどね。