nucleusはレイアウトに関してはcssで定義されていますので、cssをいじくっていく必要があります。
そのcssの存在する場所ですが、
①管理画面の左下スキンファイルをクリック
②defaultフォルダをクリック
③default_left.css 及び default_right.css がそれとなります。
④③のcssを編集し、アップロードするとレイアウトを変更できます。dreaweaverなりテキストエディタなりでまあ、普通に編集です。
で、そのcssが適応されているページファイルはというと
①スキンの編集をクリック
②「default（初期設定時の名前なので変更した方は違います）」スキンの「メインの目次ページ（初期設定ではこれがサイトの最初のページに設定されています）」をクリック
③スキンを編集
となります。
「メインの目次ページ」を編集しても、あくまでそのページしかレイアウトの変更が行われませんので、実際は各記事（アイテム）の詳細ページも同じように編集する必要がありますので、
月別アーカイブページ
月別アーカイブ一覧ページ
エラーページ
画像ポップアップウィンドウ
メインの目次ページ
個別アイテムページ
メンバー詳細ページ
検索ページ
のそれぞれを編集する必要があります。が、俺は検索ページなんか使わない！とかあればいじる必要はもちろんありません。
また、各ページ同じレイアウト、デザインである必要もありません（あたりまえか．．．）
実際にはさらにこれらのページで変数の挿入（アーカイブリストとかカテゴリーリストとかをページに表示させる設定）とかもやるわけですが．．．。